Μεταξύ των μεγάλων προβλημάτων που επισημαίνει η Συνομοσπονδία τους 2 μήνες της λειτουργίας του νέου συστήματος είναι η έλλειψη Διευθύνσεων ΚΕΠΑ σε μεγάλες Περιφέρειες της χώρας καθώς και στα νησιά.
Επίσης, τονίζει ότι ασάφεια και κακή πληροφόρηση έχει οδηγήσει σε υπερφόρτωση του συστήματος πιστοποίησης της αναπηρίας, αφού δεν έχει εκδοθεί διευκρινιστική εγκύκλιος σύμφωνα με την οποία θα γίνεται σαφές ότι έχουν ισχύ γνωματεύσεις που έχουν ήδη εκδοθεί από τις Υγειονομικές Επιτροπές του προηγούμενου συστήματος και έχουν την ένδειξη επ' αόριστον ή χρονικά δεν έχουν λήξει ακόμη.
Τέλος, το αναπηρικό κίνημα επισημαίνει ως απαράδεκτο το γεγονός ότι οι αιτούντες την πιστοποίηση της αναπηρίας τους και αξιολόγηση του ποσοστού αναπηρίας τους, δηλαδή άτομα που ζουν με πενιχρά έως και μηδαμινά εισοδήματα, θα καταβάλλουν το εξωφρενικό για την παρούσα οικονομική περίοδο των 46,16 ευρώ.
